Pendant l’arrêt de la galerie, les effluents traités par les stations d’épuration de Chambéry, Aix-les-Bains et du Bourget-du-Lac seront exceptionnellement rejetés dans la Leysse. Ce rejet est encadré par un arrêté préfectoral, qui impose un suivi rigoureux de son impact sur le milieu récepteur.